Środowiska analityczne w Polsce w latach 90-tych skupione były wokół różnych towarzystw analitycznych i ośrodków w Warszawie, trójmieście i Krakowie (Polskiego Towarzystwa Psychoanalitycznego, Instytutu Psychoanalizy i Psychoterapii, Instytutu Analizy Grupowej Rasztów, Laboratorium Psychoedukacji; Ośrodka Psychoterapii Psychoanalitycznej „Trójmiasto”, Krakowskiej Szkoły Psychoterapii Psychoanalitycznej i Krakowskiego Centrum Psychodynamicznego. W tym samym czasie, tj. 1991 roku brytyjski psychiatra i psychoanalityk Brian Martindale założył Europejską Federację Psychoterapii Psychoanalitycznej w sektorze publicznym – EFPP. Terapeuci analityczni z Polski zaczęli interesować się dołączeniem do Federacji. O afiliację EFPP starało się środowisko krakowskie, a polscy psychoanalitycy – Jan Malewski i Wojciech Hańbowski rekomendowali do EFPP Instytut Psychoanalizy i Psychoterapii Katarzyny Walewskiej. Stawało się coraz bardziej oczywiste, że żadna z istniejących w Polsce organizacji analitycznych pojedynczo nie może zostać przedstawicielem środowiska. W 2002 roku powołana została grupa robocza, której przedstawiciele byli zainteresowani stworzeniem polskiego oddziału EFPP. W ciągu długiego okresu jej funkcjonowania członkami grupy byli: Władysław Banaś, Halina Pułaska-Borowicz, Danuta Golec, Krzysztof Jusiński, Anna Mikos, Maciej Musiał, Agnieszka Myśliwiec-Ferduła, Iwona Nidecka, Ewa Paszkiewicz, Athanasia Perdiki-Tomkowicz, Olga Pilinow, Dorota Sierpińska, Anna Szypusińska i Marzena Witkowska.

Polskie Towarzystwo Psychoterapii Psychoanalitycznej (PTPP) zostało powołane na zebraniu założycielskim w Instytucie Psychiatrii i Neurologii w Warszawie 16.02.2003, a zarejestrowane oficjalnie 29.08.2003. W Radzie i Zarządzie były osoby reprezentujące różne środowiska, by także w ten sposób towarzystwo mogło być wspólne. PTPP od początku integruje środowisko analityczne. Jest otwarte na różnorodność myślenia analitycznego. Poszukuje własnej formuły, wypracowuje swoją tożsamość. Zapewnia dostępność i dobrą jakość szkolenia, w tym szkolenia podyplomowego. Pomaga budować i zachowywać poczucie tożsamości zawodowej. Daje poczucie przynależności i wspólnoty, dba o interesy terapeutów i o etyczną postawę wobec siebie nawzajem i wobec pacjentów. Promuje podejście psychoanalityczne. Towarzystwo stało się ważnym partnerem dla innych organizacji terapeutycznych, również analitycznych, służby zdrowia i różnych instytucji państwowych.

Obecnie PTPP jest członkiem Europejskiej Federacji Psychoterapii Psychoanalitycznej (EFPP). Ma swoich delegatów w Sekcji Psychoterapii Dorosłych i Sekcji Psychoterapii Dzieci i Młodzieży.
Towarzystwo liczy 460 członków.Kryteria dotyczące uzyskania pełnego członkostwa PTPP (certyfikatu PTPP) są zgodne z międzynarodowymi standardami szkoleniowymi EFPP.